金陵美术馆下设机构为一室三部：1、综合办公室；2、学术研究部(下设二所)；3、展览公教宣传部；4、典藏部。

1、综合办公室

综合办公室为党政合署的党务、行政管理职能部门，担负着美术馆的人事、财务、安保、物业和食堂等日常相关工作。主要职责是负责全馆内外协调、联络、沟通、组织和管理；同时负责本馆的所有配置设备和网络及所有机电的运行操作、维修、保养，并对物业、安保进行有效的管理、保证本馆设备系统及后勤系统的良好运转，食堂的日常运转；协助各部门日常事务与各部门之间的协调工作,为美术馆事业发展提供人、财、物的组织和保障。

2、学术研究部

下设：戏剧舞台研究所、美术研究所
学术研究部负责戏剧创作和理论研究，贯彻落实市文广新局下达的关于艺术生产的各项决策、指示，完成全市的艺术创作的中长期创作规划和年度计划；组织我市的创作和理论研究优秀成果的对内对外文化交流；组织创作和理论研究人员开展各类艺术实践活动。负责开展版画的创作与理论研究;承担近现代及当代美术史、相关课题、专题展览的研究任务；关注研究美术现状及演变趋势，以推动提升美术馆的学术研究水平，促进对外交流、提高服务社会水平。

3、展览公教宣传部

展览公教宣传部负责本馆各种展览活动的展陈、展览策划、展览设计、制作、布展等工作，承担展览的安排，承接各类展览的洽谈、运输、上报等相关工作；负责配合展览需要，对外宣传发布及联络媒体、对外进行展览交流，编辑出版各种学术刊物，开展各类学术研讨活动及负责金陵画派纪念馆的相关工作，全面提高美术馆的策展水平和国内外影响。利用本馆艺术资源，开展公共教育活动，推动美术的普及工作，实现与社会各界的互动与联动，达到美术馆公共教育普及提高、服务惠民的目标。做好美术馆日常宣传活动，联系媒体，维护网站、微信、微博的推广等。扩大金陵美术馆的社会教育影响力。

4、典藏部

典藏部负责本馆美术作品收藏、损赠工作。紧紧围绕美术馆的发展目标和中心任务,根据自身的学术主题确定收藏方向,通过策划、组织以展览的方式展现和传达研究和收藏成果,同时依托藏品和展览、场馆资源,开展学术活动,推动提升美术馆的学术研究水平，促进对外交流、提高服务社会水平。